На 2009 год в школе обучается 31 ученик, работают 13 педагогов. Имеется 10 учебных кабинетов, мастерская, столовая на 24 посадочных места, библиотека. Определенные проблемы создает отсутствие спортивного зала. В компьютерном классе пять компьютеров, 2 принтера.
На территории нынешней Варыгинской волости (ранее Петровской волости) Варыгинская школа (ранее Хлусовская) образована по решению Земского собрания в 1910 году. В школе обучалось 35 детей (20 мальчиков и 15 девочек). Причём 21 ребёнок считался православной веры, а 14 были старообрядцами.Всех учила одна учительница Треумфова Мария Алексеевна. Обучение было начальное.
После Великой Октябрьской социалистической революции 1917 года школа была переведена в деревню Варыгино в небольшой низенький домик, и стали её называть Варыгинской. В 1931 году школа была переведена снова в Хлусово (Ахмылово). В период немецкой оккупации (1941 – 1944 гг.) школа не работала. Занятия возобновились 1 сентября 1944 года. В 1944 – 1945 годах заведующей работала Михалёва Т. И., учителем – Самульцын Николай Степанович. В 1946 году заведующим был назначен Мышинский Николай Михайлович. Дети получали начальное образование.
В 1949 году на базе начальной школы была открыта семилетняя.Директором был назначен Васильев Василий Григорьевич. Школа размещалась в трёх приспособленных деревянных одноэтажных зданиях. Два здания находились на левой стороне реки Иссы, а одно на правой стороне реки в деревне Лотовицы. В первых двух зданиях размещались 5, 6, 7, 8 классы и учительская. Здесь обучалось 113 учащихся. А в деревне Лотовицы размещались 1, 2, 3, 4 классы. Сообщение с основными зданиями было через реку по пешеходному мостику, который называли «лавами».
В 1962 году школа стала восьмилетней. В октябре 20 числа 1965 года Варыгинская школа получила двухэтажное кирпичное здание, которое называлось по сметно-проектной документации – пристройка. Здание двухэтажное пристраивалось к одноэтажному деревянному зданию,дореволюционного строения, где обшивка здания была сделана коваными самодельными гвоздями. Проектную документацию выполнил колхоз«Путь к коммунизму», возглавлял который Козлов Иван Семёнович.Строительство вело ПМК во главе с Барышниковым Сергеем Федоровичем. 18 октября 1965 года здание на берегу реки Иссы было принято в эксплуатацию. Комиссию возглавляла председательрайисполкома Иосифова Евгения Иосифовна, а также присутствовализаведующая РОНО Иванова Валентина Александровна, директор школыЗахарова Фатина Дионовна, председатель сельского совета Тимофеева Анна Тимофеевна, председатель колхоза Козлов Иван Семёнович
На протяжении 40 лет директорами школы были:
- с 1962 г. Захарова Фатина Дионовна;
- с 1968 г.Бреус Мария Васильевна;
- с 1974 г. Дроздецкий Юрий Александрович;
- с 1980 г. Смирнова Александра Дмитриевна;
- с 1983 г. Ермолаева Валентина Вячеславовна;
- с 1987 г. Васюченкова Валентина Михайловна;
- с 1996 г. Лукина Наталья Владимировна;
- с 1997 г. по настоящее время Аршанова Людмила Алексеевна.
В 1989 году школе был присвоен статус неполной средней школы. С 27 мая 1999 года статус основного общего образования. С 14 апреля 2006 года статус основной общеобразовательной школы.